L'Orrido di Botri è un angolo autentico di wilderness, dove la presenza dell'uomo da tempi immemorabili non ha intaccato la bellezza dei luoghi e dove è possibile, ancora oggi, incontrare una flora estremamente ricca ed interessante. Nelle zone rocciose più soleggiate della gola troviamo tra le specie erbacee le sassifraghe, i semprevivi, le rare aquilegie e la primula auricola, mentre all'interno del canyon, nei tratti umidi ed ombrosi, predominano muschi, epatiche e vari tipi di felci; significativa la presenza della Pinguicula (pianta insettivora). Per le specie arboree segnaliamo il faggio, il carpino nero, l'orniello, il leccio, quest'ultimo diffuso in alcune stazioni rupestri ben soleggiate, aceri, salici, tiglio selvatico, maggiociondolo ed il raro tasso, conifera dalle foglie velenose.
La Fauna:
Tra i mammiferi, oltre il lupo che utilizza stabilmente il territorio di tutto l'Appennino, sono presenti il capriolo,
la lepre, lo scoiattolo, la marmotta, diffusa sul Monte Rondinaio, la volpe, l'istrice, la puzzola e la martora; presente anche un piccolo gruppo di capre rinselvatichite di circa 20 esemplari, il cui numero si mantiene stabile nel tempo.
L'avifauna è rappresentata da diverse specie di rapaci come
l'aquila reale, splendido simbolo dell'Orrido, l'astore, lo sparviere, la poiana, il falco pecchiaiolo, il gheppio, il pellegrino e forse anche il misterioso gufo reale; tra i passeriformi si elencano il curioso merlo acquaiolo, la ballerina gialla, il codirosso spazzacamino, il culbianco, lo zigolo muciatto, la rondine montana ed il coloratissimo picchio muraiolo.
Tra gli anfibi significativa è la presenza della Rana temporaria, del Geotritone italicus (tipico dell'Appennino centrale) e della Salamandra pezzata.
Per preservare l'unicità e le bellezze naturali dell' Orrido di Botri è stata istituita, fin dal 1971, l'omonima Riserva Naturale che tutela una superficie di 286 ettari e la cui gestione è affidata al Corpo Forestale dello Stato - Ufficio Territoriale per la Biodiversità di Lucca. Inoltre, l'area protetta si trova al centro di un' Oasi di protezione della fauna, istituita nel 1993 dalla Provincia di Lucca ed estesa su una superficie di circa 2000 ettari, dove la caccia è completamente vietata.